Marie Alphonse Nicolas Joseph Jongen, né le 14 décembre 1873 à Liège, est le fils de Marie Joseph Alphonse Jongen (1843-1927), entrepreneur en ébénisterie d'art, et de Marie Marguerite Betermanne. Il est le frère aîné du compositeur Léon Jongen, chef d'orchestre et directeur du Conservatoire royal de Bruxelles. Le 26 janvier 1909, Joseph Jongen épouse à Saint-Gilles Valentine Ziane qui lui donne trois enfants.